Der Zentralrat der Muslime in Deutschland (ZMD) begrüßt die Absicht des Bundesinnenministers, gegen den islamischen Extremismus und Radikalismus vorzugehen.
Der ZMD plädierte im April 2001 vor der Zuwanderungskommission angesichts der Pauschalverurteilung der islamischen Institutionen dafür, dass die Akte des sogenannten "islamischen Fundamentalismus" in aller Offenheit und Sachlichkeit offengelegt und konsequent gegen islamische Gruppierungen, die in Konflikt mit dem Grundgesetz und den Gesetzen geraten sind, juristisch vorgegangen wird, damit die Muslime in Deutschland und ihre islamischen Institutionen den Pauschalverdacht des "islamischen Fundamentalismus" los werden. Nur so können Behörden und Gesellschaft ein normales gesundes Verhältnis zu der breiten Masse der muslimischen Bevölkerung entwickeln und sie als gesellschaftliche und religiöse Partner gewinnen.
Die Würde der Religion gebietet ein behutsames Vorgehen mit allen islamischen Institutionen. Prinzipien der Verhältnismäßigkeit und der Rechtsstaatlichkeit müssen beachtet werden.
Bei jeder Maßnahme muss die Unantastbarkeit der Moscheen als Gotteshäuser und die Freiheit der Religionsausübung geschätzt bleiben.
Der Schutz, den die Religionsgemeinschaften im Grundgesetz genießen und der laut Artikel 137.2 Weimarer Verfassung die Vereinigungen, "die sich die gemeinschaftliche Pflege einer Weltanschauung zur Aufgabe machen" einschließt, darf in Bezug auf die Moscheevereine und die islamischen Organisationen nicht eingeschränkt werden.